清朝初年，科布多地區部落歸屬蒙古準噶爾管轄，乾隆年間徹底消滅準噶爾部之後科布多地區各部落歸附中國，清廷隨即設定科布多參贊大臣統轄杜爾伯特部及阿爾泰山一帶諸部落，此後由科布多參贊大臣統轄的這一區域被稱為科布多地區。
科布多參贊大臣衙門遺址(蒙古國科布多省)
科布多地區包括如今蒙古國科布多省、巴彥烏列蓋省、烏布蘇省大部分地區，俄羅斯與阿爾泰邊疆區東南部、阿爾泰共和國、及圖瓦共和國唐努山以南地區，中國新疆阿勒泰地區烏倫古河-額爾齊斯河以北，哈薩克東哈薩克州東北一隅。
科布多地區(紅色區域)
鴉片戰爭後，清廷日漸衰弱，在沙俄的威逼利誘下，同治三年(1864年)，清廷與沙俄簽訂《勘分西北界約記》，將科布多地區所屬的阿爾泰淖爾烏梁海割讓給沙俄。1869年沙俄又強迫清廷簽訂《科布多界約》，將科布多定邊左副將軍管轄烏梁海十佐的10萬平方公里土地劃給沙俄。此後為了加強對該地區管理，清廷又分設了布倫托海辦事大臣和阿爾泰辦事大臣，由科布多參贊大臣節制。
中俄《科布多界約》加蓋印章
1911年武昌起義爆發，在沙俄的策動下第八世哲布尊丹巴呼圖克圖宣佈外蒙古獨立，並派兵侵佔烏里雅蘇臺和科布多地區，科布多地區各部落紛紛響應獨立，唯有少數幾個部落仍聽命與科布多參贊大臣，並與獨立勢力進行鬥爭。在沙俄的支援下，1912年5月，由黑喇嘛丹畢堅贊、馬克思爾扎布等率外蒙古軍隊圍困科布多城，剛成立不久的北洋政府立即電令時任新疆督軍楊增新派兵救援，但由於沙俄從中作梗導致軍隊無法及時到達，1912年8月，外蒙軍隊佔領科布多城，將末任科布多參贊大臣驅逐，不久科布多地區全境被俄蒙聯軍掌控。1919年，北洋政府派遣徐樹錚率領軍隊進軍外蒙古，外蒙古獨立勢力迫於壓力撤銷外蒙古自治，歸順中國北洋政府，科布多地區又重新回到祖國懷抱。此後北洋政府撤軍，外蒙獨立勢力又捲土重來，1922年，外蒙古又宣佈獨立，從此以後科布多地區就一直孤懸海外，脫離了中國。
外蒙古取消自治現場
如今科布多地區主體位於蒙古國科布多省，人口約7萬人，以遊牧為主。省會科布多城也就是當年科布多參贊大臣駐地，城外的殘垣斷壁和遺址也訴說著當年這座城市的傳奇。
科布多城