1、第一次鼠疫大流行
從6世紀中葉開始至8世紀消失，在歐亞奪走上億條生命。疫情起源於埃及的西奈半島，542年開始在君士坦丁堡爆發。當時的君士坦丁堡是全世界範圍內人口最多的城市，很多來自亞洲、非洲、歐洲的商隊、船隊在此聚集。因疫情爆發適逢拜占庭皇帝查士丁尼在位，故此次瘟疫被後人稱為“查士丁尼瘟疫”。
2、第二次世界性鼠疫大流行-黑死病
席捲整個歐洲的被稱之為“黑死病”的鼠疫大瘟疫，奪走了2500萬歐洲人的性命，佔當時歐洲總人口的1/3之多。此後在十五、十六世紀黑死病多次再次侵襲歐洲；但死亡率及嚴重程度逐漸下降。
3、第三次鼠疫大流行
第三次鼠疫大流行是突然爆發的，至20世紀30年代達最高峰，總共波及亞洲、歐洲、美洲和非洲的六十多個國家，死亡達千萬人以上。此次流行傳播速度之快、波及地區之廣，遠遠超過前兩次大流行。這次流行的特點是疫區多分佈在沿海城市及其附近人口稠密的居民區，家養動物中也有流行。
自1910年10月始，肆虐東北半年之久的大鼠疫，死亡人數達6萬之多。清政府直接、間接經濟損失多達5萬兩白銀。以此次防治鼠疫為契機，中國的近代防疫體制開始起步，以伍連德為首的中國醫務工作者在防疫中的專業表現，讓世界醫學界為之驚歎
鼠疫歷史上最大一次爆發是公元542年源自中東的“查士丁尼鼠疫”，流行中心為地中海巴爾幹一帶，肆虐近兩個世紀，高峰期每天死亡萬人，死亡總數近億人。此疫幾乎摧毀了君士坦丁堡，加速了東羅馬帝國的衰落，從而影響了世界古代史的程序。這也是史書上第一次明確記載的世界性鼠疫大流行爆發。查士丁尼瘟疫導致東羅馬帝國喪失了至少1/3以上的人口！帝國勞動力驟減，社會生產力、軍隊戰鬥力下降嚴重（有資料顯示查士丁尼前期的軍隊數量在68萬，到瘟疫之後下降為15萬）。
查士丁尼本人也染上鼠疫，雖然最終痊癒，但卻引發了執政後期政局的動盪。
東羅馬帝國因為這場瘟疫元氣大傷，查士丁尼的雄心壯志就此粉碎，他去世以後西部的領土很快丟失。
歷史上最大一次鼠疫爆發起源於中世紀，延綿數百年。也正是這一次的恐怖，奠定了鼠疫“黑死病”的恐怖名頭。
1348～1351年在歐洲迅速蔓延，患者3～5天內即死，3年內喪生人數達6200萬（有的說是3000萬），歐洲人口減少近1/4，其中威尼斯減70%，英國減58%，法國減3/4。從1350～1400年間的歐洲人壽命從30歲縮短到僅僅20歲。直到16世紀末，歐洲每10年就發生一次鼠疫流行高峰。整個16、17世紀，鼠疫仍是威脅歐洲人生命的頭號元兇，至少有2500萬人死亡。
1664年到1665年，倫敦再次發生鼠疫大流行，鼠疫就是在這次流行中被命名為“黑死病”