東方航空公司主要運營國際航線有：
東南亞：浦東至曼谷、吉隆坡、新加坡北京經浦東至新德里北京經昆明至達卡昆明至曼谷、加爾各答、曼德勒、新加坡昆明經南寧至金邊韓國線：虹橋至金浦浦東至漢城、釜山、大丘、濟州，威海至漢城煙臺至漢城日本線：虹橋至羽田浦東至札幌、福島、福岡、廣島、大阪、金澤、名古屋、東京、沖繩、岡山北京經浦東至東京、經青島至福岡、經青島至大阪、經青島至名古屋西安經浦東至名古屋、經浦東至東京昆明經浦東至大阪。
歐洲、美洲、澳洲線：浦東至巴黎、莫斯科、法蘭克福、紐約、悉尼、經悉尼至墨爾本北京經浦東至洛杉磯港澳臺地區線：浦東、西安、昆明、福州、杭州、南昌、寧波、青島、濟南、溫州、湛江至香港浦東至臺北。
東航國內線路----
昆明-廣州、上海虹橋-廈門、北京大興-南京、北京大興-杭州、上海虹橋-天津、上海虹橋-太原、南京-成都、成都-武漢、上海浦東-瀋陽、上海虹橋-蘭州、上海虹橋-重慶、上海虹橋-武漢、上海虹橋-昆明、上海虹橋-西安、上海虹橋-長沙、昆明-成都、北京大興-成都、上海虹橋-青島、北京大興-昆明、北京大興-寧波、上海虹橋-鄭州、北京大興-廣州、北京大興-成都、上海虹橋-青島、北京大興-昆明、北京大興-寧波、上海虹橋-鄭州、北京大興-廣州。